Описание прокариотического организма

• Главная
• Первый семестр
• Ссылки

Текстовое описание прокариотического организма

• Название: Cyanothece sp. PCC 8801
• Домен: Bacteria

Описание генома из записи банка Refseq

• Идентификаторы NCBI: NC_011721; NC_011723; NC_011726; NC_011727
• Содержание записей: полный геном плазмиды pP880101 цианобактерии; полный геном плазмиды pP880102 цианобактерии; полный геном хромосомы цианобактерии; полный геном плазмиды pP880103 цианобактерии
• Длина последовательностей: 50894; 40786; 4679413; 16601 п.н.
• Суммарная длинна: 4787694 п.н.

Окружение гена белка в геноме бактерии

Рис.1 Окружение гена белка, содержащего домен бета-лактамазы (идентификатор YP_002373080.1), в геноме бактерии Cyanothece sp. PCC 8801. Рассматриваемый ген выделен рамкой(изображение увеличивается по клику).
Изображение получено с помощью геномного браузера NCBI


• Направление рассматриваемого гена beta-lactamase domain-containing protein (YP_002373080.1): +1 (прямая цепь).
• Ближайший соседний ген с 5'-конца: ген белка dihydrodipicolinate synthase (YP_002373079.1).
  Направление этого гена: +1 (прямая цепь).
  Расстояние до рассматриваемого гена: 207 п.н.
  Рамка считывания относительно рассматриваемого гена: +0
• Ближайший соседний ген с 3'-конца: ген гипотетического белка (YP_002373081.1).
  Направление этого гена: +1 (прямая цепь).
  Расстояние до рассматриваемого гена: 73 п.н.
  Рамка считывания относительно рассматриваемого гена: +1
• По-видимому, ген beta-lactamase domain-containing protein (YP_002373080.1) и ген гипотетического белка (YP_002373081.1) образуют оперон, так как расстояние между ними очень мало. Про функцианальную связь этих генов трудно сказать что-то определенное, потому что функция белка (YP_002373081.1), скорее всего, еще не исследована.
  Гены белков dihydrodipicolinate synthase (YP_002373078.1) и aspartate-semialdehyde dehydrogenase (YP_002373078.1), вероятно, так же образуют оперон (расстояние между ними небольшое (43 п.н.), и расстояние с соседними генами значительно больше).
• Ближайший ген, рассположенный на комплиментарной цепи с 5'-конца от рассматриваемого гена, находится на расстоянии двух генов.
• Ближайший ген, рассположенный на комплиментарной цепи с 3'-конца от рассматриваемого гена, находится на расстоянии двух генов.